Los orígenes de Bayamo y su nombre arahuaco se pierden en mitos y leyendas antiquísimos. En 1512 llegan los primeros españoles y encuentran una comunidad aborigen de más de 7 000 personas, dedicadas principalmente a las labores agrícolas y la cerámica. La segunda villa fundada en Cuba, sobre la margen derecha del río Yara, recibe el nombre de San Salvador, pero en el segundo semestre de 1513 los colonizadores abandonan el emplazamiento y crean una nueva estructura administrativa: la villa San Salvador de Bayamo.

El nombre refleja la esperanza de los conquistadores de terminar con la resistencia aborigen encabezada por el cacique taíno Hatuey, después de quemarlo en la hoguera. Sin embargo, la lucha continuará durante años. Dos etnias participan de esta cultura: la aborigen y la hispana, a la que se suman a partir de 1524 elementos africanos, que nunca llegan a ser dominantes. Los colonizadores españoles sintieron orgullo al nombrarla

 

GRANMASan Salvador porque con ello aspiraban a liberar de un pensamiento irredento a los habitantes de la Isla sobre los restos calcinados del cacique indio Hatuey. Pero Bayamo se convirtió en heredera cultural del símbolo de rebeldía. La Leyenda de la Luz de Yara -muy divulgada en la región del Cauto y Guacanayabo durante la colonia y la república- cuenta que los aborígenes recogieron con respeto, en 1512, las cenizas y las transportaron para Bayamo donde fueron depositadas.

En la primera década del siglo XVII el comercio de rescate y contrabando, que introduce en la región productos no suministrados por la Metrópoli, va a ser causa de tres hechos históricos. Para erradicar el sistema de contrabando las autoridades españolas inician una ofensiva, que incluye el juicio de sospechosos. El capitán general Pedro Valdés destaca en diciembre de 1603 a Melchor Suárez de Poago, quien encausa y determina el traslado hacia La Habana de miembros de la oligarquía vinculados al contrabando. Los bayameses ocupan las vías de comunicación terrestre y fluvial para impedir que se los lleven y apelan al rey exigiendo que los encartados sean juzgados en la propia villa. El proceso contencioso finalmente no se ejecuta y las autoridades se retiran. En Bayamo se continúa viviendo durante casi dos siglos del comercio de contrabando.