Incendiado por los mambises que luchaban valientemente, San Juan y Martínez, al igual que su vecino San Luis, tiene una larga historia de tierra bendecida para el tabaco

San Juan y Martínez fue fundado entre 1740 a 1745, sin que se tenga una fecha exacta de este suceso, aunque se sabe que ya desde el siglo XVII habían sido entregados a colonos españoles los hatos de San Juan y el de Martínez.

Gracias a la combinación de clima, suelos y larga tradición, estas tierras son consideradas desde hace siglos las mejores para la producción de tabaco cubano. Su cultivo en realidad comenzó desde la segunda mitad del siglo XVIII, cuando se establecieron plantaciones en Los Palacios, Consolación del Sur, Pinar del Río y San Juan y Martínez. Sin embargo, no fue hasta el siglo XIX, con la eliminación del estanco en 1817 y la supresión de otras trabas comerciales años más tarde, que se afianzó la producción tabacalera como renglón fundamental de la región. El pueblo fue incendiado por los mambises que luchaban contra el dominio español el 21 de febrero de 1896, Día de la Dignidad Sanjuanera, y solo quedaron en pie los muros de Monterrey y la torre de la iglesia, que todavía es la mayor altura del pueblo.

A pocos kilómetros de San Juan y Martínez se alza la Estación Experimental del Tabaco, fundada el 31 de enero de 1937, que es la segunda institución científico-técnica más antigua de Cuba. Fue punto de visita del programa del IX Festival en 2007, con motivo de su 70 aniversario. De ella han salido importantes variedades de tabaco a partir de las cuales se obtienen plantas con mayor número de hojas y más resistentes a enfermedades como el Moho Azul y la Pata Prieta.