En el sistema convencional cada explosión ocurre a los 90 grados de giro del cigüeñal, es decir, cada media vuelta, mientras que en la nueva R1, al estar los 4 pistones a diferentes alturas uno de otro, las explosiones suceden a 270,180, 90 y 180 grados, o sea el orden de encendido es completamente irregular.

A pesar de que las distintas marcas que participan en los mundiales de Moto GP han probado con éxito este novedoso tipode encendido, no había sido adoptado por las tetra cilíndricas de calle debido al nivel de vibraciones primarias o secundarias que este cigüeñal llamado Crossplane genera, pero los ingenieros de Yamaha, ajustando la precisión en la inyección, además de un equilibrado exacto en el eje cigüeñal, lograron reducir las molestas vibraciones al mínimo.

Las ventajas de este nuevo motor inciden directamente en la manera de combinar el par o torque sobre el cual no tiene control el conductor, con el producido por las detonaciones, sobre el que si incide el piloto al depender directamente del numero de revoluciones, de esta forma el resultado es que el conductor cuenta con una mayor sensibilidad sobre el comportamiento del motor y su confianza a la hora de acelerar mediante el mando electrónico. Entre otras ventajas es que la reacción final que llega al neumático logra una mayor tracción, pues sus pulsos irregulares permiten mayores periodos de descanso a la goma para recuperar el agarre perdido por exceso de par en otras ocasiones, así el agarre llega al asfalto con más efectividad. Todas las Moto GP actuales emplean por esta razón, secuencias de encendido irregular.

El nuevo motor de la R1 ha reducido su carrera de pistón hasta 52,2mm y su diámetro ha aumentado a 78mm, lo que la convierte en la Superbike de 1000cc de carrera más corta hasta el momento. Continúa con doble árbol en cabeza y 16 válvulas. Su embrague con sistema de deslizamiento facilita las reducciones. Los conductos principales de salida del radiador son de resina, y el nuevo sistema de escape es de un 4 en 2 en 1 especialmente diseñado para adaptarse a las necesidades del nuevo cigüeñal.

Entrando en la electrónica, mediante el pulgar derecho se puede seleccionar cualquiera de los dos programas del D-Mode que combinan una curva de potencia estándar y otra más suave. La inyección electrónica Mikuni dispone de 2 inyectores y de sistema YCC-T que ofrece la posibilidad mediante los inyectores secundarios de actuar a partir de medio régimen para mejorar la aceleración.

El chasis de doble viga de aluminio también es nuevo y el sub-chasis es de aleación de magnesio para rebajar su peso total. Para lograr un mejor equilibrio el motor ha sido inclinado 9 grados más vertical que la R1 anterior. La horquilla delantera es invertida con barras de 43mm y su amortiguador trasero incluye capacidad de regulación de compresión a alta y baja velocidad a través de un regulador hidráulico de pre-carga. Los frenos delanteros Sumitomo de 6 pistones y 4 pastillas con 2 discos de 320mm. Detrás basta con un disco de 220mm con pinza Nissin de un pistón. La completamente nueva YZF 1000 R1 llega a su 7ma generación desde que se presento por vez primera en 1998.