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El 13 de marzo de 1988 se inauguró el túnel Seikan que unió la isla de Hokaido con la de Honshu, la mayor de Japón. El hecho agregaba una nueva ruta con mayor seguridad a los viajeros, dadas las condiciones meteorológicas en el estrecho de Tsugaru, división marítima entre ambas islas, donde, en 1954, cinco ferries, incluyendo el Toyo Maru, se hundieron durante un tifón en el área y perdieron la vida 1 430 personas.
El túnel, con una extensión total de 53,9 km —de los cuales 23,3 km se encuentran bajo el lecho marino—, posee dos anchos de vía. Inicialmente se tendió la de 1 067 mm, usada aún en muchos servicios en el archipiélago. Las variabilidades de materiales geológicos en el subsuelo marino impidieron el uso de máquinas barrenadoras, por lo que se emplearon explosivos para avanzar las tareas de perforación. Desde el comienzo de los trabajos hasta la puesta en servicio del túnel, se perdieron 34 vidas: una muestra de lo azaroso de la obra.
En 2005 se inician los estudios para incorporar una vía standard (1 435 mm) usada por el Shinkansen, conocido también como «tren bala»; de esa forma, el servicio regular comienza en marzo de 2016 y, a partir de esa fecha, el servicio de pasajeros se transfiere a esta línea y la vía estrecha se destina solamente para los trenes de carga.
Con el cambio, el viaje desde la estación de Tokyo hasta la del puerto de Hakodate, en Hokaido, se realiza en cuatro horas y dos minutos (así son de puntuales), a velocidades que varían según los tramos: en los trazados bajo tierra alcanzan desde 260 hasta 320 km/h, y en el tramo bajo el agua, 140 km/h.
Se realizan pruebas para elevar la velocidad dentro del túnel hasta los 260 km/h, pues se proyecta para 2031 llevar la línea directamente hasta Sapporo, capital de Hokkaido, y obviar el trasbordo actual desde la estación de Hakodate hasta la de Sapporo. Esto haría el servicio más competitivo con las aerolíneas, pues el Shinkansen haría el viaje entre las dos capitales en solo cinco horas.
El túnel Seikan, por su extensión bajo el mar, es en la actualidad el segundo en el mundo, solo superado por el del Canal de la Mancha entre el Reino Unido y el continente europeo (37,9 km). Es, asimismo, el segundo en longitud total, después del suizo Gotthard (57 km), inaugurado en 2016 bajo los Alpes.