El museo Atesora una valiosa colección de libros antiguos y raros; esculturas, muebles en maderas preciosas y una hermosa colección de frscos de porcelana.

Es de esos lugares por donde la historia no sólo transcurre, también se detiene para rememorar a los hombres del saber y a sus obras. En las bases de un lejano convento de la Orden Mendicante Agustiniana de 1678, el actual Museo Nacional de Historia de las Ciencias de Cuba, conjuga magistralmente inmueble, documentos, mobiliario y arte con las tres dimensiones del tiempo. Este recinto cobijó por una más de una centuria (1868) a la Real Academia de Ciencias Médicas, Físicas y Naturales de La Habana. Como una joya están guardados los primeros libros manufacturados en la Isla (1673, 1723) sobre temas interesantes de la Astronomía o Anatomía. Verlos recogidos en papel amarillo y con inconfundible letra antigua detrás de una vitrina es como adentrarse en una cápsula del pasado.

Diversos salones Fascinan además dos salones donde, además de clasificar y preservar bibliografía valiosa de más de 50 000 ejemplares desde el siglo XVI hasta nuestros días, todavía se les utiliza como espacio de consulta. Se trata de la Sala Trelles, de estilo neoclásico, y una pequeña biblioteca que lucen, ambas, sendos muebles de oscuras maderas preciosas, torneadas y trabajadas en gaveteros, puertecillas, confortables sillones o amplias mesas con olores inconfundibles de ébano o cedro. La Sala de la Real Academia, es punto medular. Sirvió en 1881 como plataforma del científico cubano Carlos Juan Finlay para defender su acertada teoría sobre el transmisor de la fiebre amarilla, el mosquito Aedes Aegiptis y donde se conservan asimismo objetos de este sabio como de otros intelectuales cubanos y extranjeros. Erigido como Museo en 1962, con sus 9 salones y tres vestíbulos, sobresale el culto a la ciencia, en una variada colección de cuadros al óleo, una liptoteca o Salón de los Bustos, esculturas en una amplia gama de materiales. Uno de los broches de oro, es sin dudas, el Paraninfo de configuración circular, con arcos góticos y bancos sobrios. Cuentan que Albert Einsten, al dictar una conferencia allí y como parte en 1930, de su cortísima estancia en la capital, dijo sentirse a gusto por lo ilustrado del auditorio y por el esplendor del espacio. Y para dejar el lugar saturados de emociones contemplativas, una increíble colección de frascos de porcelana, plata, o cristal de farmacia de los siglos XVIII y XIX, conforma la Sala dedicada a la Historia de esa disciplina. La magnificencia de su composición está dada también por la maestría con que están hechos los muebles que los atesoran. La Exposición Internacional de Chicago de 1888 otorgó premio a esta botica de San José. Hoy por hoy el público le sigue confiriendo lauros a partir de sus individualidades museables o por el conjunto de ese santuario de la Ciencia Cubana.